從1996年的第1回開始，由日本神戶市以及「動畫神戶實行委員」會兩個單位共同企劃，以振興日本動畫及影像產業和發掘優秀人才而設的「動畫神戶賞」，不少動畫巨匠如庵野秀明及宮崎駿等，還有許多令人難忘的優秀作品都曾在「動畫神戶賞」中得過獎項。所以「動畫神戶賞」一直是日本動畫界每年最具有代表性且相當受到重視的獎項之一。
2010年的第15回「動畫神戶賞」得獎名單也在前陣子出爐，《涼宮春日的消失》果然不負眾望，憑藉著用心的製作與精緻的品質，以及震撼性的劇情，不僅受到廣大觀眾的歡迎，創下了8.3億日幣的票房佳績，也成功獲得評審青睞，從眾多作品中脫穎而出，奪得了「最佳劇場放映作品獎」，由此可證明《涼宮春日的消失》的品質與精彩度不同凡響。
根據日本官方說明《涼宮春日的消失》榮獲「動畫神戶賞」的原因：
在涼宮春日系列作品之中，《涼宮春日的消失》是其中最有趣的一部作品。平常絕對不會顯露感情的〝長門有希〞在本片中表現出害羞的可愛姿態，再加上故事劇情精細、充滿張力的設定加以科幻成分的鋪成，在約3個小時的片長內完美地發展、收尾。
此外，《涼宮春日的消失》中，長門有希因己身的〝錯誤累積〞而改變了時間軸，創造出沒有涼宮春日存在的世界，這樣的舉動，似乎來自於她原本不應該擁有的戀愛感情所引發的事件，《涼宮春日的消失》是一部結合了有趣的〝科幻劇情〞設定和〝萌要素〞的美少女動畫的傑作，因此在本屆「動畫神戶賞」中擊敗眾多對手而勇奪大獎。