《福音戰士新劇場版》原著為典型的機器人動畫，故事注重描寫戰鬥場景和人物對話；隨着情節推移，故事逐漸著重刻畫人物內心，以精神分析式手法的描述。本作運用強烈意識流手法，蘊含宗教、哲學意象，使它曾在日本掀起被稱為「社會現象」程度的巨大迴響，並被譽為日本歷史上最偉大的動畫作品之一。
而本集《福音戰士新劇場版：Q》接續著第二集《破》的劇情展開，人類將遭遇更可怕的第三次衝擊。真嗣返回NERV總部，意外重逢綾波零，並得知自己將和渚薰共同駕駛十三號機，而這長達14年的空白，期間的滄桑巨變和情感糾葛，卻讓真嗣不知所措。
男主角真嗣，與父親的疏離讓他自幼即非常獨立。渚薰則為第十七位「使徒」，有「自由天使」之稱；身為「非人類」，他卻有著無敵的魅力，神秘並含著鮮紅雙眸，優雅的銀色短髮，渾身散發著一股溫柔氣質，每次出現對真嗣的影響都非常深遠。在漫畫版中，薰是第一個說「喜歡」真嗣的人，真嗣也承認受薰吸引，當真嗣得知薰的使徒身份時，曾怒不可遏地大叫：「和父親一樣，背叛了我！」此時薰瞬間搖身一變，成了敵人。但是為了反抗命運、不讓真嗣為難，薰懇求真嗣殺了自己，以死獲得自由。自此真嗣為此掙扎不已，活在矛盾之中。
不過他們兩人之間真的有「微妙關係」存在嗎？或許是薰少了份人類才有的防衛心、欺騙、傷害等感受，所以真嗣才會受到他的吸引；同時薰也真誠地回應真嗣的心情。在劇場版第二集《破》，渚薰在最後對著停止活動的初號機喊出了：「這次只要讓你得到幸福，碇真嗣」引起戲迷尖叫。這次渚薰在《Q》的出現，究竟會帶給真嗣怎麼樣重大的改變，進而引導劇情發展？！這個疑問也成為本劇場版不得不看的原因之一！！ 6月14日《福音戰士新劇場版：Q》見真章！！