EVA複雜詭異的故事，一切都是由一個男人而起，而這人就是—碇源堂，一個孤獨封閉的男人，不相信自己能夠獲得幸福，在遇到摯愛後，才發現這世界是有愛的，然而，最愛死了，他又回復到以前的封閉狀態，不相信這世上有愛了，包括他和兒子碇真嗣之間的親情，雖然有意無意間，碇真嗣也會渴望得到父愛。
碇源堂對兒子的殘酷，讓碇真嗣也慢慢變成像他一樣封閉的人，懷疑自己存在的意義，性格懦弱、優柔寡斷，比碇源堂還無法融入社會，外表雖然是年輕高中生，但內心的複雜程度卻不輸成人，然而，造就這一切結果的碇源堂，又將碇真嗣再度牽扯入他的新計畫裡。
真嗣昏睡了十四年後醒來，寡言低沉的個性也沒有改變，其實，每個人都變了。懵懂的真嗣返回了千瘡百孔的NERV總部，真嗣發現他身處的現在，不僅無法回到過去，他也只能依循碇源堂的命令繼續往前、無法摸索透徹，事情真的能照碇源堂所規劃的進行嗎??
謎樣少年薰也是劇埸版中重要成員，他與困惑的男主角真嗣存有亦敵亦友的情誼，讓人百思費解！長達14年的空白，真嗣遭遇的事情越來複雜，期間的滄桑巨變和情感糾葛，讓真嗣不知所措，看似溫柔的渚薰為他揭開了種種難以置信的真相…他到底能不能夠脫離父親陰影，走出自己的一片天呢？一切的一切，只是為了某種說不出來的情愫。追問不出結果、又無法說得明白的情執，或許才是這部作品令人陶醉之處！
在《福音戰士新劇場版：Q》中，全片用交響曲來壯闊場景，氣勢磅礡，無論是否福音迷，「福音戰士新劇場版：Q」確實是一部不能錯過的巨作！