近年來，隨著相關檔案與史料的公開，蔣介石與蔣經國父子，在白色恐怖政治案件中的角色愈來愈清晰。
就蔣介石而言，如有學者曾據國史館館藏：「蔣中正總統檔案」，以及眾多相關史料，指出戒嚴時期的政治案件，與蔣介石有關係者，一類是蔣介石親自主導的案件，如：孫立人案相關的假匪諜案，李友邦案，任顯群案……等等。
另一類，則是由蔣經國主導，但必須經過蔣介石同意的案件，如：雷震案……等等。此外，還有一類是必須經過蔣介石同意的，情治人員私自作為的案件。
就蔣介石而言，在眾多政治案件當中，從是否拘捕與偵辦、到審判階段、乃至判決以後的核覆（核定與覆議），皆不乏蔣介石介入的案例。特別在核覆過程中，常見蔣介石直接變更原判決而加重刑責的情形，如：周清連……等案、史與為一案、陳繼光、陳孟和、劉裕如……等人。徐會之案、陳梓林案、陳心菉、康震、李玉堂、鄭文峰……等人。
除了違法加刑，蔣介石在實際運作核覆機制的過程中，尚有許多不法或不當之處，如未說明發交復議（審）之明確理由、要求嚴判因罪證不足，而被軍法官輕判的案件、對審判結果不滿，而要求處分審判人員，以及找幕僚代批公文……等等。
由於軍事長官對判決結果擁有核覆權，無疑是身為「最高軍事長官」的蔣介石得以主導實質上的「確定終局審判」最重要的法定機制。
然而，擁有核覆大權的蔣介石，在許多政治案件的核覆過程中，卻常出現上述不當乃至不法的核覆作為；更不要說，有些案件在初審判決前、根本還未進入核覆程序，就被蔣介石直接介人。
以雷震案為例，1960年10月8日下午宣判，蔣介石總統卻在當天上午，於總統府內召集黨政軍特要員，召開「商討雷（震）案」的極機密會議，並當場做出「雷之刑期不得少於10年」，與「覆判不能變更初審判決」等指示。可見蔣氏連自己執政時期所訂定的法律與規則都不遵守，這無疑是戰後臺灣「白色恐怖」之所以恐怖的關鍵因素。
就蔣經國而言，臺灣戰後數十年間，對在第一線製造政治案件的情治單位有著巨大的影響力，且主導過不少政治案件，如雷震案、柏楊案、李荊蓀案……等等。分析其性格，常表現出不容異己、且動輒將異己視為敵人的態度，排他性格清晰可見。
而他認定的異己或敵人，除共產黨人之外，臺獨人士乃至民主人士率皆屬之。而且，他常會將臺獨人士、民主人士與共黨人士連結在一起。特別是面對匪諜之類的敵人，他是絕不留情的。而且，在他看來，只要是其頭號敵人中共政權一天不被消滅，臺灣就一天不可能實施民主。
前監察院長王作榮，對1950年至1960年代蔣經國的政治角色，曾有以下的描述：「在1950年至1960年代，可說是政府的高壓威權時代，而主控這一段時期權力的便是經國先生，這可說是人盡皆知的事。……遷臺早期，簡直是恐怖統治，以後雖稍放鬆，仍是絕對威權統治，毫無民主氣息。而且為求將來能繼承大位，不著痕跡地、但無情地、不擇手段地，整肅對自己有妨礙者，甚至一再用冤獄羅織人罪」。而蔣經國的騰騰殺氣，就連外人也有所了解。例如，1953年蔣經國訪美，美國國務卿杜勒斯（John Foster Dulles）當著蔣經國的面指出：「聽說將軍在處理國家安全事務時有點粗暴」。
學者研究指出：
「國民政府遷臺後的白色恐怖，是蔣介石與蔣經國父子主導或默認情治單位的措施」。
「白色恐怖的眾多冤案中，部分案件為蔣氏父子所主導，這些案件與保衛臺灣的大局無關，純屬私人嫌隙」。
「蔣氏父子與情治單位，互為臺灣實施白色恐怖的共生體」，應是社會之公論。
【延伸閱讀】
1. 【劉熙明】，《蔣中正與蔣經國在戒嚴時期「不當審判」中的角色》，《臺灣史研究》，6：2（臺北：中央研究院臺灣史研究所籌備處，2000.10），頁139一187。
2. 【蘇瑞鏘】，《強人眼中的敵人—-蔣介石、蔣經國與戰後臺灣的政治犯》，國立政治大學臺灣史研究所、日本東京大學總合文化研究料、日本一橋大學大學院言語社會研究料、澳洲墨爾本蒙納士大學語言、文化、語言學分學院中文系（主辦）， 「第四屆臺灣史青年學者國際學術研討會」論文，2011年3月26日。
3. 【蘇瑞鏘】，《臺灣政治案件之處置1949-1992》，臺北：國立政治大學歷史學系博士論文，2010。