千桌萬人宴
國民黨新竹市議會黨團2015年12月26日晚間，在東大路樹林頭夜市廣場席開1035桌，以歲末感恩名義宴請近萬民眾，因正值總統、立委大選期間，遭指控有賄選嫌疑。
檢調偵辦依違反選罷法起訴主辦人市議員林耕仁及其秘書吳俊宏。 經新竹地院審理，法官賴淑敏宣判林耕仁和吳俊宏兩人均無罪。其理由之一是採信赴宴民眾的證詞：「菜色很爛」、「 僅吃一餐應該不至於會影響投票意願」。
大新竹生活圈爭議
2022年8月9日，林耕仁在社群媒體中出「大新竹生活圈」作為其參選新竹市長政見，並表示自己與楊文科承諾當選後將推動輕軌建設、公車系統及公路建設，並強化河川保育等環境資源，共推永續政策；卻遭競爭對手沈慧虹批判，林耕仁2017年任新竹市議員時期批評新竹輕軌，甚至杯葛大新竹合併升格修法，指林耕仁沒有中心思想。
針對輕軌建設前後不一的言論，林耕仁指出，2017年前市長林智堅提出總共3百億的輕軌計畫，其中中央負擔120億元、地方自籌達180億，如此重大建設，市府沒有提出完整的可行性評估，包括人口變化、預估運量、自償比率等等，如此草率的規劃「簡直視輕軌如兒戲」，已經辭職的「烙跑二人組」前新竹市長林智堅、前新竹副市長沈慧虹，更是把輕軌視為解決新竹交通的唯一解方，完全是錯誤政策比貪污更可怕，當時國民黨議會黨團都不能接受。同時林耕仁表示，輕軌與改善公車系統同時並進，先行培養搭乘大眾運輸的模式，才是符合城市需求的大眾運輸計畫。
碩士論文未抄襲，保留學位
2022年9月5日，林耕仁代表國民黨參選新竹市長被民進黨團踢爆，在2010年發表的交通大學論文「新竹市現況分析及未來發展建議 – 以治安、交通及觀光為例」抄襲。民進黨團指控林耕仁利用議員身份申請不公開的政府資料，大量抄襲政府報告、資料引用魚目混珠、官方統計資料剪剪貼貼，剪貼10份政府報告，抄襲比高達6成。
對此林耕仁回應，他的論文也許寫得不好，但面對潑髒水不屈服，並說明自己的論文引用資訊皆是公開資料且有註明出處，符合學術規範，林並主動將論文送交陽明交通大學調查。
9月7日，網路紅人音地大帝再爆料，林耕仁在中華大學論文的謝詞也存在抄襲的疑慮。在感謝其妻子與家人的部分幾乎語句相同僅置換人名。林耕仁表示，自己的論文經過比對符合中華大學現在的標準，論文的原創性絕對經得起考驗。10月21日，中華大學公布林耕仁碩論調查結果，經比對符合現有規範。經審議委員會決議，認定論文抄襲行為不成立，保留碩士學位，但在學術寫作瑕疵部份，將敦促日後應以更嚴謹審慎態度從事論文寫作。
200221228 涉抄襲！林耕仁碩士學位被撤銷！
代表國民黨參選新竹市長落選的林耕仁，選舉期間被檢舉陽明交大碩士論文涉及抄襲，經陽明交大學倫單位獨立審查，今天確定被撤銷學位，理由是抄襲與未適當引註，陽明交大表示，林耕仁的學術倫理案經學生學術倫理審議委員會審議程序終了，已依規定通知被檢舉人、檢舉人及相關單位，並向林生說明救濟程序事項。在救濟程序尚未終了前，不便說明與回應。
林耕仁在參選新竹市長期間，遭檢舉其中華大學與陽明交大的雙碩士論文都涉及抄襲，中華大學部分在選舉期間已確定論文有暇疵，但未達抄襲程度，已要求林補正資料，而陽明交大的碩士論文涉及抄襲部分200221228已有結果。陽明交大學倫單位經審查後確認林耕仁的碩士論文涉及抄襲和未適當引註，經委員會審議後，確定撤銷其碩士論文學位，除已告知當事人與檢舉人，也向林耕仁說明可提出救濟申請。